L’abbaye est fondée en 1136 par des moines venus de Morimond (située sur le plateau de Langres ) sur un terroir offert par l’évêque Roger de Noé et la Comtesse Flandrine de Montpezat au coeur de l’ancien comté de Comminges. C’est le temps des moines défricheurs, agriculteurs et pasteurs. Après quelques difficultés de départ, l’abbaye prospère et rayonne. Elle donne le jour à 6 abbayes filles : Villelongue, Boulbonne, Peyrignac, Nizors, puis Labaix et Fonclar en Espagne.
Aux XIIIe-XIVe siècles les abbés de Bonnefont fondent, directement ou non, les actuelles communes de Mazères, Carbonne, Lestelle, Boussens, Plaisance du Touch, Beauchalot,... Le pape Clément V séjourne à l’abbaye en janvier 1309.
Non loin subsiste l’une des 8 granges : la Peyrère, remaniée au XVIe siècle.

A la Révolution, les 7 derniers moines sont dispersés ; confiscation et vente des biens. Les archives déposées à St Gaudens brûlent lors de l’insurrection royaliste de 1799.
Au XIXe siècle : dilapidation des éléments architecturaux et démolition systématique pour exploitation de chaux sur place. Le bâtiment des convers, seul rescapé avec la porterie, devient le corps principal d'une ferme.

1970 : publication des actes de l’abbaye.
1981 : constitution de l’Association pour la Sauvegarde de l’Abbaye puis rachat du site avec la Société des Etudes du Comminges.
Dégagement, fouilles, réfection des toitures et mise en valeur du site, reconstitution du lavabo des moines. 1998 : rapatriement de la façade de la salle capitulaire et remontage d’un enfeu.

Projet en cours : réhabilitation des substructions dégagées, de l’étage du cellier, remontage de la façade de la salle capitulaire et reconstruction partielle du cloître.