D'abord créé vers 1130-1140 sous la forme d'une "cella" à vocation de sépulture dynastique par une famille de chevaliers, les Argombat,le monastère devient en août 1143 la 42e fille de Clairvaux (la première en région toulousaine). Il est aussitôt transféré, à la demande d'un inspecteur, sur son site actuel en bordure de Garonne, une baronie allodiale de 400 hectares, ancien domaine gallo-romain (présence d'une villa près de l'abbaye), dont l'abbé devint seul seigneur foncier et justicier : il y avait des fourches patibulaires sur le coteau dominant l'abbaye à l'est.

Le temporel de Belleperche, estimé à environ 9000 hectares à son apogée, se forme pour l'essentiel entre 1150 et 1190 sous la direction des patrons laïcs qui disposent des droits de sépulture, de logement et de table ouverte. Ces deux derniers droits sont vainement combattus au XIIIe siècle et ne s'éteignent qu'au XVe. Belleperche continue d'enrichir son patrimoine jusqu'au milieu du XIIIe siècle. Huit granges sont créées en des points stratégiques : carrefours, ports fluviaux, chemins fréquentés, puis neuf bastides complètent et renforcent ce dispositif entre 1253 et 1283. L'élevage des bovins et des chevaux, la production de mules, l'importation et la distribution du sel de l'Atlantique et la culture intensive de la vigne fondent les activités de commerce et la puissance de l'abbaye. Elle possédait des ports sur Garonne et Aveyron, une flotte dès les années 1160, des chais, maisons et entrepôts dans les villes de la région (Montauban, Auvillar...).

Durant la croisade contre les Albigeois, Belleperche reste neutre et l'abbé apporte même un soutien verbal au comte de Toulouse en 1218, ce qui lui vaut d'être légèrement puni par le Chapitre général. En 1234, un cathare traqué par les inquisiteurs est accueilli au monastère, puis transféré clandestinement en Lombardie.

L'apogée est atteint avec l'abbé Guilhem Jauffre (c.1263-1294), un fort caractère, diplomate, agent du roi de France, chef de la mission qui en 1293 alla signifier aux Anglais la saisie du duché d'Aquitaine, puis évêque de Bazas (1294-1299).

Environ 90 profès occupent alors Belleperche qui figure, par son poids économique, dans le trio de tête des abbayes cisterciennes du Midi, avec Grandselve et Fontfroide. L'abbaye résiste assez bien aux crises des XIVe-XVe siècles (en tout cas mieux que d'autres !), au point que le pape, en 1363, nomme l'un des moines de Belleperche, Elias de Bidoto, à l'abbatiat vacant de Cadouin.

La mise en commende a lieu dès 1454, et le dernier abbé régulièrement élu vers 1450, après avoir résisté dix années durant, cède sa place en 1464 au premier commendataire, Jean de Saint-Etienne,en échange de rentes et de privilèges inouïs. Redressée et restaurée par Jean de Cardaillac, abbé durant près de soixante ans (1485-1543), l'abbaye connaît un moment de faste en 1563-1564 avec le cardinal-archevêque Georges d'Armagnac, puis elle est financièrement pressurée par la famille Hébrard de Saint-Sulpice de 1569 à 1578.

Mal défendue par quelques gens d'armes, elle est envahie par une petite troupe de soldats protestants le 7 octobre 1572, et occupée durant trois mois, car son bac sur la Garonne permet d'établir une liaison entre la Gascogne huguenote et la place forte de Montauban, tout en bloquant l'approvisionnement de Toulouse, fief catholique. Attaquée fin décembre par l'armée royale, Belleperche est en partie incendiée. Les moines la restaurent lentement jusqu'en 1614, sans luxe ni constructions nouvelles. Ils traînent les abbés en justice et obtiennent en 1637 le partage des menses, qui les libère de la tutelle abbatiale en terme de finances.

Au XVIIe siècle, forte d'une trentaine de moines, Belleperche devient une abbaye largement ouverte aux laïcs, un lieu de vie spirituelle et civile où l'on vient ouïr la messe et les prêches, passer des contrats, résider quelque temps, se marier, se faire inhumer...

Au siècle des Lumières, Belleperche demeure une maison cossue. Située au 18e rang de richesse parmi les 92 filles de Clairvaux, elle reste un bénéfice convoité. La fonction hôtelière, héritée de l'hospitalité médiévale, connaît alors un fort développement. Renommée pour la qualité de son séjour et de sa cuisine (le maréchal-duc de Richelieu vient parfois, depuis Bordeaux, s'y délasser et profiter de copieux repas), l'abbaye a amplement participé, dans sa version provinciale, à la civilisation de la "douceur de vivre" française, faite d'esprit et de convivialité.

Au début de l'année 1790, après avoir vendu clandestinement la plupart du mobilier et caché certains effets chez des complices (notaire, médecin...), les moines tentent de constituer leur seigneurie en commune indépendante. Dans l'impossibilité d'y parvenir, ils laissent dépérir leurs terres, puis se séparent en février 1791. Certains deviennent curés constitutionnels. L'abbaye est vendue pour 132 000 livres à un riche négociant qui en fait sa résidence de campagne.

Au XIXe siècle, de ventes en successions, on compte jusqu'à sept propriétaires différents en même temps. Les besoins de chacun entraînent mutilations et destructions : l'église, la salle capitulaire, la moitié du cloître.

En 1983, le Conseil Général de Tarn-et-Garonne rachète deux tiers du monument, menacé de ruine et d'une transformation en discothèque, puis se lance en 1990 dans la restauration qui se poursuit à l'heure actuelle. Il acquiert le dernier tiers en 1997 et s'emploie à redonner vie à ce témoin capital de l'histoire du Midi médiéval et de l'aménagement du territoire. Belleperche devient peu à peu un centre culturel dédié aux arts du goût dans le droit fil de son histoire avant la Révolution, et ses salles seront occupées par une exposition permanente sur l'histoire des arts de la table, qui présentera et explorera l'évolution des pratiques et des objets, du XVIIIe siècle jusqu'au design actuel.

Les collections sont en cours de constitution depuis le début de l'année 2002, et comptent actuellement plus de 4000 numéros, isolés, en services ou en ménagères.

Cette collection publique accueille tout type d'objet en rapport avec la consommation des aliments et des boissons : vaisselle, couverts, pièces de forme, services, verrerie, céramiques, argenterie, décor, linge, ensembles complets ou dépareillés... De l'assiette de Sèvres au verre à moutarde ! L'exposition permanente "La table est mise !" offre depuis le mois de mai 2009 un panorama de l'évolution des objets, de leur usage et des façons de mettre la table.